2005年6月，國務院批準中國證監會、財政部、中國人民銀行發布《證券投資者保護基金管理辦法》，同意設立國有獨資的中國證券投資者保護基金有限責任公司（簡稱“投保基金公司”），并批準了公司章程。2005年8月30日，投保基金公司在國家工商總局注冊成立，由國務院出資，財政部一次性撥付注冊資金63億元。投保基金公司歸口中國證監會管理。

　　公司主要職責包括：籌集、管理和運作證券投資者保護基金；監控證券市場交易結算資金安全，開展證券市場客戶資金數據日常統計與分析；監測證券公司風險，參與證券公司風險處置；按照國家有關政策規定對被處置證券公司的債權人予以償付；向證券公司提供流動性支持；建設、管理、運行和維護中國證監會12386服務平臺；開展投資者保護狀況評價與證券市場調查；參與特別代表人訴訟；管理證券期貨行政執法當事人承諾金；負責辦理舉報獎勵登記；中國證監會交辦的其他業務。

　　公司內設13個部門，分別為辦公室（黨委辦公室）、紀檢辦公室、法律事務部（審計部）、財務部、資金監控部、資產管理部、調查評價部、投資者服務部、統計分析部、風險監測部、信息科技部、投資者宣導部、投資者權益維護部。公司下設1個控股子公司，為北京中證保信息科技股份有限公司。